На историческом факультете действуют несколько лабораторий, в которых студенты имеют возможность заниматься научно-исследовательской работой:
- Проблемная научно-исследовательская лаборатория истории, археологии и этнографии Сибири;
- Кабинет антропологии;
- Центр международных исследований и новейшей истории;
- Центр изучения истории, образования и науки, в его составе научно-учебная лаборатория «Сибирь: исторические традиции и современность», Музей истории ТГУ;
- Научная студенческая лаборатория «Археолог»;
- Научная студенческая Лаборатория социальной антропологии.
- На историческом факультете ежегодно проходит студенческая научная конференция, по результатам которой издаётся сборник лучших работ «Вопросы истории, международных отношений и документоведения».